南門遺址是全國重點文物保護單位——揚州城遺址(隋—宋)的重要組成部分，包含唐、北宋、南宋、明、清等多個時期修筑或修繕的陸門遺存和與水門、水關遺址相關的一些遺跡現象。雖歷經1200余年，揚州城南門的位置始終未變，城城相疊，沿襲至今，被考古學界、史學界、建筑界譽為中國古代的城門通史。
　　雖然前后進行了兩次考古發掘，可揚州城南門遺址還有一些謎團尚未解決，困擾著專家，其中主要有：
　　一、南門甕城門從北宋開始己經是拱券式，但主城門的形制是過梁式還是拱券式有待確認；南門遺址沿革所反映出的城門、甕城的形制變化以及與筑城相關的建筑技術或方法的發展變化，是重大的學術研究課題。
　　二、筑城中的夯筑、用磚規格、銘文等問題，與揚州城在各個歷史時期的政治地位或軍制有關；而城樓、角樓、外角的具體狀況或復原，都需要繼續解剖發掘以取得基礎部分的詳細數據。
　　三、揚州具有獨特的地理位置，歷史上，揚州是南北兵家必爭之地，陸門和水門的關系表現出唐、宋、明清幾個時代城門整體防御設計思想的變化，并且和河道相關的水門和水關等水工類建筑物是揚州城的特色之一，需要繼續深入研究。
　　四、南門遺址的唐代第1期甕城是國內目前南方地區發現的最早的甕城，但是該甕城被后期甕城破壞或疊壓，該期南門的主城門、甕城門、甕城內道路、甕城外拐角等許多問題都有待繼續發掘以確定。
      揚州南門遺址將進行第三次發掘，力求破解遺址四大謎團，我們期待著解秘的那一天。
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